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O Subsistema do Cerrado constitui a paisagem dominante do sistema. Ostenta um estrato gramíneo diferenciado do campo pela ocorrência de árvores de pequeno porte e aspecto tortuoso, o que se explica pela teoria do escleromorfismo oligotrópico. A rede de drenagem é boa e os solos são de baixa fertilidade natural, mas não são uniformes. Há formações de cerrado que ocorrem tanto em latossolos avermelhados como em solos arenosos, dos quais são exemplos o sudoeste de Goiás e o oeste da Bahia, respectivamente. Entre o Subsistema dos Campos e o Subsistema do Cerrado, há uma paisagem intermediária, designada, popularmente, campo sujo. Não se considera esta paisagem como um subsistema à parte, porque sua abrangência geográfica é pequena e, ecologicamente, mostra que as mesmas características dos dois subsistemas tendem, ora mais ora menos, para um ou para outro.
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